Historie
Hydroponií kultivace Třeboň. Zleva S. Prat, D. Dykyjová, J. Květ, K. Fiala
Počátky brněnského pracoviště Botanického ústavu AV ČR spadají již do padesátých let 20. století, kdy byly v rámci Československé akademie věd (ČSAV) založeny Geobotanické laboratoře v Průhonicích (1954) a v Brně (1955). Vedoucím brněnské laboratoře se stal Jan Šmarda, bryolog, fytogeograf, geobotanik a mykocenolog. K 1. lednu 1962 vznikl spojením obou Geobotanických laboratoří Botanický ústav ČSAV.
Z brněnské laboratoře se stalo Ekologické oddělení, jehož vedení se ujala Milena Rychnovská. V následujících letech zde působili především Kamil Rybníček, Eliška Rybníčková, Emilie Balátová, Blanka Úlehlová a Robert Neuhäusl. Celá skupina se významně podílela na geobotanickém mapování, jejímž výsledkem později bylo vydání Geobotanické mapy Českých zemí.
Kameničky, ČMV. Zleva K. Fiala, B. Petřík, H. Gloser
Ekologické oddělení v Brně se profilovalo dvěma směry. Ekologická skupina pracovala pod vedením Mileny Rychnovské na výzkumu ekofyziologie na modelu kavylů a kostřav, doplněnou o studium mikrobiální činnosti (Blanka Úlehlová) a navazující studium fungování ekosystémů aluviálních luk u Lanžhota. Probíhalo také synekologické studium jihomoravských aluviálních luk (Emilie Balátová) a komplexní studium jihomoravských mokřadů (Jan Květ).
Na tento výzkum navázal pak v sedmdesátých letech projekt „Kameničky“, začleněný do mezinárodního programu Člověk a biosféra. V rámci tohoto projektu byla studována struktura, produkční procesy a koloběh uhlíku a dusíku v podhorské louce na Českomoravské vysočině, která byla obhospodařovávána různými typy managementu. Na výzkumu se také významně podíleli především Jan Gloser, Jana Jaklová, Karel Fiala, Marta Tesařová a Pavel Šmíd. Kromě toho se skupina věnovala vývoji nových laboratorních a terénních metod pro ekologický výzkum (viz M. Rychnovská a kol., Metody studia travinných ekosystémů, Academia, 1987).
Jižní Čechy, Novořecká Bašta. Zleva J. Květ, S. Hejný, K. Fiala
Druhý směr se definoval jako Palynologická, později Paleoekologická skupina, kterou vedla Eliška Rybníčková. Dále zde působili Kamil Rybníček, Vlasta Jankovská, Helena Svobodová či Marie Peichlová. Skupina byla zaměřena na studium vývoje vegetace v postglaciálu na celém území bývalého Československa. Mezi zkoumanými územími byla Českomoravská vrchovina, jižní Čechy, Krušné hory, Krkonoše, Jeseníky, Jizerské hory, Rakovnicko, jižní Morava, Horní Orava, Vysoké Tatry a podtatranské kotliny. Výzkum byl často napojen na problematiku řešenou v Geobotanickém oddělení Botanického ústavu v Průhonicích. Výsledky bádání byly knižní publikace v rámci Vegetace ČSSR, paleogeobotanické mapy Českých zemí (první svého druhu u nás, popisující šíření dřevin na našem území v různých historicích obdobích) a řada článků v odborných periodikách.
Jižní Čechy, Novořecká Bašta. Zleva M.Tesařová, S. Hejný, K. Fiala, R. Květová, O. Hejná, E. Rejmánková, B. Úlehlová, J. Květ
V roce 1983 bylo Ekologické oddělení začleněno do nově vytvořeného Ústavu experimentální fytotechniky. Struktura ústavu a jeho vědecká koncepce byla do značné míry dána osobními ambicemi vedení ústavu a politickými rozhodnutími. Polovina osmdesátých let tak představovala určitou stagnaci v terénních výzkumných aktivitách. V dalších letech se nicméně podařilo vydat několik knižních publikací shrnujících předchozí výzkum. Za všechny zmiňme knihu Ekologie lučních porostů (Academia, 1985), která je prvním uceleným dílem pojednávajícím o loukách z komplexního ekosystémového a synekologického hlediska. Pro svou kvalitu byly tyto výsledky zahrnuty i do světových syntéz týkajících se temperátních luk.
Další změny organizační a vědní koncepce nastaly v roce 1987, kdy spojením Ústavu experimentální fytotechniky ČSAV a Ústavu pro výzkum obratlovců ČSAV vzniká multidisciplinární, široce koncipovaný Ústav systematické a ekologické biologie ČSAV. Jeho součástí bylo Oddělení travinných ekosystémů. Tento ústav byl nicméně již v roce 1993 opět sloučen s Ústavem krajinné ekologie AV ČR se sídlem v Brně (ředitel M. Peňáz) do stejnojmenné instituce.
Zatímco se skupina zabývající se výzkumem travinných ekosystémů začlenila do nově vzniklého ústavu, pracovníci paleoekologické skupiny byli začleněni opět do Botanického ústavu AV ČR se sídlem v Průhonicích. Organizačně těžkopádný Ústav ekologie krajiny byl však o pět let později znovu reorganizován. Oddělení travinných ekosystémů přišlo zpět do Botanického ústavu a znovuspojením s paleoekologickou skupinou vytvořilo Oddělení ekologie Brno. To bylo v roce 2009 přejmenováno na Oddělení vegetační ekologie, což souhrnně vyjadřuje historickou kontinuitu a současné zaměření pracoviště. Od roku 2017 se z oddělení vyčlenila Paleoekologická laboratoř, která má za cíl dále rozvíjet výzkum prehistorie vegetace.
Poslední dvě desetiletí
Beskydy, Bílá Ostravice. Zleva P. Holub, K. Fiala, J. Jakrlová, I. Tůma
Od začátku devadesátých let, kdy byla Československá akademie věd transformována v Akademii věd České republiky, je zaměření výzkumu určováno úspěšnými návrhy grantových projektů. Tři tříleté projekty (1, 2, 3) byly zaměřeny na studium fungování travinných ekosystémů a jejich úlohy na odlesněných plochách po imisních kalamitách. Podařilo se stanovit pozitivní vliv travinných porostů na redukci kyselého půdního prostředí a vyplavování živin dané kyselými depozicemi. Studium vztahů mezi porosty kapradin a půdou přispívá k poznání úlohy kapradin na odlesněných plochách. Další tři grantové projekty přispěly k poznání příčin a důsledků expanze dlouhostébelných trav do lučních společenstev.
Paleoekologická pracovní skupina navázala na dosavadní výzkumy v grantových projektech Srovnávací studie o vývoji vegetace a přírodního prostředí Českého masivu a Karpat a zejména Syntéza dosavadních studií o historii vegetace ČR a SR. V letech 1999–2004 koordinovala tato skupina široce pojatý multidisciplinární projekt Svahová prameniště moravsko-slovenského pomezí, na kterém se podílela pracoviště univerzit v Brně a Olomouci.
Přibližně od roku 2005 se postupně zvětšoval důraz na výzkum diverzity vegetace a od roku 2008 díky pětiletému grantovému projektu Nížinné lesy v perspektivě historického vývoje na výzkum historie interakce člověka vegetace. První zaměření vyústilo ve spoluautorství pracovníků oddělení na čtyřdílné monografii Vegetace České republiky, jejíž zpracování a publikace byly podpořeny granty GA ČR. Poslední z nich získal v roce 2012 Cenu předsedy Grantové agentury ČR. Zaměření na historickou ekologii přineslo získání grantové podpory European Research Council na projekt Dlouhodobá dynamika lesů ve střední Evropě: od odhadů k realistickému modelu (2012–2016).
Umístění pracoviště
Za téměř šest desetiletí své existence zažilo brněnské pracoviště pouze jedno delší období stabilního umístění. Třicet let (1961–1991) sídlilo na adrese Stará 18.
- 1956–1961 Kotlářská 2, na katedře botaniky PřF Masarykovy univerzity v Brně; paralelně také v letech 1958–1961 na Gorkého 43
- 1961–1991 Stará 18
- 1991–1993 Kounicova 42
- 1993–2010 Poříčí 3b (nájem u Ústavu ekologie krajiny, později Ústavu systémové biologie a ekologie; poté Centrum výzkumu globální změny; dnes Ústav výzkumu globální změny, vše AV ČR)
- 2010–dosud Lidická 25/27 (nájem u Výzkumného ústavu Silva Taroucy pro krajinu a okrasné zahradnictví, v. v. i.)