Zahrada byla založena 1. ledna 1963 dohodou mezi Československou akademií věd a Ministerstvem zemědělství delimitací části Výzkumného ústavu okrasného zahradnictví. Spolu s pozemky přechází z Výzkumného ústavu okrasného zahradnictví do nové instituce i část pracovníků a vědeckých úkolů. Zhruba ve stejné době zde z Geobotanické laboratoře vzniká i další instituce ČSAV, a to Botanický ústav.

Hlavní součástí Botanické zahrady ČSAV byl Průhonický park a dále Zahrada na Chotobuzi, kde byly v následujících letech zakládány a rozvíjeny rozsáhlé sbírky rostlin. Na území zahrady se již od 40. let 20. století nacházelo fruticetum (sbírka ovocných dřevin). Výzkum ovocných dřevin zde z části pokračoval do 90. let. Staré krajové odrůdy hrušní, jabloní a třešní se na ploše zachovaly dodnes, cenný genetický materiál byl předán Výzkumnému a šlechtitelskému ústavu ovocnářskému v Holovousích.

Po založení Botanické zahrady se od r. 1963 vyvíjely paralelně dva pracovní směry:

• rozšiřování sbírek pro obohacení Průhonického parku, v přímé návaznosti na tradiční botanicko – zahradnickou koncepci parku
• vytváření nových sbírek, navazujících na širší pojetí sbírek z doby působení A. S. Taroucy, avšak v nové koncepci (vlastní genofondové sbírky)

Zpočátku byly převzaty některé již existující sbírky – zejména v případě dřevin, ale z větší části byly sbírky během 60. let zakládány zcela nově.
Rozvoj sbírek se v Průhonicích ubíral dvěmi směry. Jednak se menší celky, zejména dřeviny, uplatnily přímo v parku, zatímco početnější sbírky, vyžadující systematické uspořádání našly umístění v sousedství parku – především v zahradě na Chotobuzi. Tam se postupně vyvinula vlastní botanická zahrada, pracoviště plnící úkoly, které vyžadovaly rozsáhlé experimentální a expoziční samostatné plochy.

Hned v počátcích byly v zahradě soustředěny a dále rozvíjeny sbírky planých růží (zakladatel I. Klášterský), kulturních růží (P. Svoboda) a kosatců (M. Blažek). V dalších letech pak byly založeny sbírky denivek a leknínů (M. Blažek), pivoněk (J. Hofman, U. Blažková) a pěnišníků (A. Dostálková, U. Blažková). Stávající sbírku botanických druhů hrušní zde do začátku 80. let ještě rozvíjel J. Dostálek.

V posledních letech proběhl postupný přenos sbírek Botanické zahrady do expoziční části. Jejím základem je dosavadní Rosarium, které je pro návštěvníky přístupné z Průhonického parku od konce 60. let 20. století.

Návštěvnicky přístupná expozice

Zahrada byla až do poloviny 90. let nepřístupná veřejnosti a sloužila pouze k uchování genofondů a výzkumu, pouze příležitostně byla zpřístupňována sbírka kostaců během „Dnů otevřených dveří“.

Snaha plně využít sbírky botanické zahrady nejen vůči odborné, ale i v zájmu široké veřejnosti, byla částečně naplněna v letech 1993-96, kdy byl získán grant Ministerstva životního prostředí na založení Expoziční zahrady o rozloze 3,5 ha.

Veřejně přístupná část zahrady byla vybudována podle architektonické studie I. Otruby. Z grantu byl realizován projekt, přenos sbírek a vybudování expozičních záhonů. Tyto prostředky bohužel neumožňovaly budování cest a dalších zahradních prvků. Do prostoru expoziční zahrady byly postupně přenášeny sbírky jednotlivých rodů (denivky, kosatce, pivoňky, kulturní růže, pěnišníky, lekníny) v reprezentativním výběru. Celé sbírky jsou pak umístěny v pěstitelské experimentální části zahrady.

V současnosti plánujeme revitalizaci zahrady, úpravu jednotlivých záhonů a doplnění sbírek o další ukázky z pěstebního zázemí zahrady.

Výsledky činností a mezinárodní spolupráce

Pracovníci botanické zahrady (J. Hoffman, Mgr. M. Blažek, ing. U. Blažková) se aktivně účastnili organizace a koordinace činnosti botanických zahrad v rámci Poradního sboru botanických zahrad. Ten byl založen v r. 1968 jako Komise pro botanické zahrady u Kolegia speciální biologie ČSAV, a od r. 1971 pracoval již jako Poradní sbor pod záštitou Ministerstva kultury a později Ministerstva životního prostředí ČR až do r. 2000.

V roce 1974 organizovala Mezinárodního sympozium o rodu Iris.

Významná ocenění

V roce 2003 získal Mgr. M. Blažek za unikátní sbírku kosatců a její prezervaci Zlatou medaili Gesselschaft der Staudenfreunde e. V. při příležitosti výstavy „Irisschau“ v Erfurtu, NSRV roce 2004 získal Mgr. M. Blažek od americké kosatcové společnosti zlatou medaili „Warburton International Medal“ za dlouholetou práci na shromažďování unikátní sbírky a prezervaci všech historických fází vývoje zahradních kosatců se zdůrazněním hraniční oblasti mezi planými a kulturními formami rodu Iris.

V roce 2006 SRN získala naše expozice kosatců ocenění (Ehrenurkunde der grenzenlosen Gartenschau) na výstavě Grenzüberschreitende Gartenschau Marktredwitz – Cheb/Eger.

Na výstavě růží ve Veltrusech v roce 2006 získal kultivar Jubileum z naší sbírky ocenění „Růže roku“.

V roce 2009 získaly ing. U. Blažková, a Mgr. M. Blažek zlatou medaili za nejucelenější a nejrozsáhlejší expozici na výstavě kosatců v Erfurtu – SRN.

Vedoucí botanické zahrady a Průhonického parku

Botanickou zahradu založil a jako samostatnou instituci ČSAV vedl v letech 1963-67 Prof. Pravdomil Svoboda. Po přičlenění k Botanickému ústavu se ve vedení zahrady postupně vystřídali RNDr. Slavomil Hejný DrSc., Doc. Ing. Jaroslav Hofman, Ing. Milena Roudná CSc., Ing. Jaroslav Dobrý CSc., Ing. Věroslav Samek CSc. a Mgr. Milan Blažek. Od roku 2002 je zahrada součástí Správy Průhonického parku a genofondových sbírek, které vede Ing. Ivan Staňa. Za činnost zahrady do r. 2010 odpovídala ing. Uljana Blažková, nyní RNDr. Pavel Sekerka.