Pokusná zahrada v průhonickém areálu Chotobuz slouží vědeckým oddělením ke shromažďování a pěstování rostlin z přírody a k experimentům s rostlinným materiálem. V neposlední řadě slouží zahrada již 15 let k záchrannému pěstování dnes již vyhynulého druhu české květeny, Ostericum palustre (matizna bahenní). V poslední době se využívá zejména k:

• pěstování rostlin pro jejich taxonomické hodnocení za podmínek eliminujících jejich proměnlivost, způsobenou vlivem různého prostředí na přirozených stanovištích;
• experimentům zjišťujícím reprodukční způsob a dědičnost (záměrná křížení a pěstování potomstva)
• experimentům zjišťujícím biologické vlastnosti rostlin za definovaných a známých podmínek prostředí.

Zahrada je z velké části využívána i pro krátkodobější udržení rostlinných kultur, zpracovávaných ve zdejších laboratořích (laboratoř průtokové cytometrie, laboratoř isozymových analýz a laboratoř analýzy DNA). Vybavení pokusné zahrady umožňuje pěstování rostlin jak na venkovních plochách (část z nich má vybudovaný závlahový systém), tak ve čtyřech sklenících, z nichž dva jsou v zimě vytápěny. Obdobná zahrada zaměřená především na pěstování vodních a mokřadních rostlin je součástí třeboňského pracoviště.