Příběh z herbáře: DNA čárové kódy sítin
Sbírání rostlin v přírodě a jejich ukládání do herbářů představuje tradiční způsob uchovávání rostlin pro odborné účely. V dnešní době je po celém světě asi 3400 významných herbářových sbírek, které poskytují cenné informace pro výzkum taxonomie, evoluce, ekologie i ochrany rostlin. A jak se v posledních desetiletích ukázalo, herbáře jsou rovněž bohatým zdrojem DNA studovaných rostlin.
Při praktické identifikaci druhů se v současnosti stále častěji využívá metoda DNA barcodingu, což je možné přeložit jako čtení „DNA čárových kódů“ organismů. Je založená na čtení vybraných krátkých úseků DNA, které jsou stejné či velmi podobné u jedinců stejného druhu, ale liší se mezi druhy. Tento postup vznikl kvůli zjednodušení taxonomie a usnadnění práce odborníků. V případě čtení DNA čárových kódů suchých a často dost starých rostlin z herbářových položek bývá největším problémem získání použitelné DNA. Podle odborníků je pro ověření spolehlivosti výsledků důležité srovnávat přečtené DNA čárové kódy rostlin z herbářů s čárovými kódy čerstvých rostlin získaných v přírodě.
Do takového srovnání se pustily Danka Do s Lenkou Záveskou Drábkovou z Botanického ústavu AV ČR v Průhonicích. Odebraly vzorky z různě starých herbářových položek sítin a jejich příbuzných z čeledi sítinovitých (Juncaceae), společně se vzorky DNA z čerstvých rostlin stejných druhů pocházejících z přírody. Ze vzorků získaly DNA, kterou následně namnožily a přečetly z ní sedm sekvencí pro účely DNA čárových kódů. Autorky studie dospěly k závěru, že získání a namnožení DNA bylo u rostlin z herbáře sice obtížnější, ve většině případů ale dopadlo úspěšně. Věk herbářových položek měl přitom jen omezený vliv na získávání DNA.
Sítina rozkladitá z univerzitního herbáře ve švýcarském Neuchâtelu. Kredit: Neuchâtel Herbarium / Wikimedia Commons.
DOI: 10.1007/s00606-017-1476-x
Kontakt: RNDr. Lenka Záveská Drábková, Ph.D. (lenka.zaveska.drabkova at gmail.com)