Chemické analýzy jsou v Botanickém ústavu prováděny na dvou pracovištích, v analytických laboratořích v Průhonicích a v Třeboni. Obě laboratoře zajišťují analýzy pro potřeby ústavních grantů, doktorandské a diplomové práce s návazností na tyto granty i externí zakázky převážně pro pracoviště vysokých škol, institucí pro ochranu životního prostředí a ostatních ústavů AV ČR. Spektrum prováděných rozborů je dáno přístrojovým vybavením, které se laboratoře snaží doplňovat a modernizovat podle potřeb zadavatelů. Metodiky používané v laboratořích BÚ jsou orientovány ke kompatibilitě s mezinárodními normami ISO, v případech sledování návaznosti výsledků na předešlé odběry jsou respektovány původní metody. Pracovním programem laboratoří je kromě servisní činnosti i zavádění a modifikace nových metod a poskytování konzultací a odborné pomoci studentům vysokých škol.
Laboratoř Průhonice
Analytická laboratoř v Průhonicích provádí rozbory půd a rostlinného materiálu jednak z hlediska zjišťování celkového i dostupného obsahu nutričních analytů – vápníku, hořčíku, draslíku a dalších biogenních makro- i mikroelementů, jednak stanovení obsahu řady stopových prvků působících v půdách i rostlinách kontaminačně. Typickým zadáním jsou i srovnávací analýzy půdy a rostlinného biomasy ze stejné lokality pro sledování transportu živin a stopových prvků. Pro tyto analýzy jsou v laboratoři používány především fyzikálně chemické metody: pro stanovení kovů atomová absorpční spektrometrie s plamenným a elektrothermickým režimem, stanovení základních aniontů se provádí metodami UV-vis spektrometrie, izotachoforézy a průtokové fotometrické analýzy FIA, stanovení obsahu nekovových prvků (dusíku, uhlíku a síry) elementární analýzou a uhličitanů volumetrickou metodou. Chemické rozbory půd jsou doplňovány zrnitostní analýzou, stanovením pH, elektrické konduktivity, výměnné acidity, obsahu vody a organických látek. Pro zajištění validity výsledků laboratoř využívá komerčních standardů a referenčních materiálů a účastní se pravidelně mezilaboratorních srovnávacích testů. Na odborném programu laboratoře se kromě analýz pro granty pracovníků Botanického ústavu významně podílejí i práce pro potřeby Přírodovědecké fakulty UK, včetně poskytování instrukcí a pracovního prostředí při praktických cvičeních i individuálním zaškolení studentů do jednotlivých metodik.
Laboratoř Třeboň
Analytická laboratoř v Třeboni je zaměřena převážně na analýzy přírodních vod prováděných formou jednotlivých zakázek i monitoringu. V poslední době laboratoř rozšiřuje spektrum svých prací i na půdní analýzy, zejména na stanovení fyzikálně chemických parametrů. Ve vodách jsou zde prováděny především analýzy aniontů (dusičnany, dusitany, amonné ionty, fosforečnany) a humínových látek. Ke stanovení obsahu těchto analytů jsou používány metody průtokové fotometrie FIA a extrakční fotometrie. Laboratoř pravidelně ověřuje jejich validitu v mezilaboratorních testech ASLAB a CSLAB. Nabídka analýz vod je v současnosti doplňována dalšími metodami: odměrným stanovení síranů a stanovení chlorofylu trichromatickou metodou, průběžně jsou prováděna měření pH, elektrické konduktivity, chemické a biochemické spotřeby kyslíku, neutralizační kapacity, obsahu rozpuštěných a nerozpuštěných látek, ztráty žíháním a dalších parametrů. Kromě chemických analýz je v laboratoři prováděn i screening vzorků řas pomocí miniaturizovaných biotestů (stanovení toxicity a trofického potenciálu). Dlouhodobě se laboratoř podílí na zajišťování pravidelných kurzů UNESCO organizovaných třeboňským pracovištěm BÚ a ekologických aktivitách Komise pro životní prostředí rady města Třeboň při monitorování kvality vod.
Laboratoř Brno
Analytická laboratoř v Brně slouží jako analytické zázemí při řešení grantových projektů Botanického ústavu. Laboratoř je součástí Společného pracoviště s Přírodovědeckou fakultou Masarykovy univerzity v Brně a je využívána také studenty a pracovníky PřF MU. Disponuje jedním laborantem.
Laboratoř provádí několik typů analýz rostlinného a půdního materiálu a vzorků vody. Jde o základní analýzy lyzimetrických vod – stanovení hodnot pH, vodivosti a obsahu vápníku a hořčíku klasickou metodou chelatometrie. Uskutečňuje se také zpracování půdních vzorků pro analýzy (sušení, přesívání, mletí). U půdních vzorků se stanovuje pH (v H2O a KCl) a množství organické hmoty spalováním. Laboratoř je vybavena sušícími boxy a moderními váhami ke stanovení hmotnosti sušiny nadzemní i podzemní biomasy. Je zde zázemí k praní kořenů, plavení půdních sedimentů a rozboru zrnitostních frakcí. Laboratoř rovněž slouží ke třídění nadzemní biomasy a nerozložených opadů rostlin a k jejich přípravě pro chemické analýzy (mletí vzorků), které jsou zadávány mimo laboratoř.