Vznik Botanického ústavu AV ČR

Botanický ústav AV ČR byl založen 1. 1. 1962 usnesením 21. zasedání prezidia Československé akademie věd ze dne 20. 12. 1961.

Jeho počátky se však vztahují již k roku 1954, kdy byla založena Geobotanická laboratoř Biologických ústavů ČSAV v Průhonicích (1. 1. 1954) a Brně (1. 4. 1955). Cílem průhonického pracoviště bylo sestavení Geobotanické mapy Českých zemí; brněnské pracoviště se zaměřilo na široce pojatý regionální výzkum jižní Moravy. Členové brněnského pracoviště se však rovněž zapojili do geobotanického mapování Českých zemí. V roce 1968 se stala Botanická zahrada ČSAV součástí Botanického ústavu ČSAV. Průhonice byly považovány za vhodné sídlo nově se tvořícího ústavu především proto, že v zámku byl po válce soustředěn rozsáhlý herbář botanického oddělení Národního muzea, v obci byl soustředěn zemědělský a zahradnický výzkum a byl zde též známý park s cenným sortimentem dřevin. 

Vlastní Botanický ústav ČSAV vznikl sloučením obou Geobotanických laboratoří – průhonické a brněnské. 

ředitelé Botanického ústavu

Mapování vegetace a ochrany přírody v 60. až 90. letech

Ve svých raných letech byl Botanický ústav zaměřen především na lokální výzkum, vytvářely se přehledy místní flóry a popisovala vegetace. Činnost ústavu byla také od počátku spjata s ochranou přírody v ČR. V tomto období vzniklo několik významných publikací, které se průběžně aktualizují a slouží botanikům a ochráncům přírody i dnes: Geobotanická mapa Českých zemí a Slovenska či Přehled vegetace ČR, který jako první na světě definoval, která rostlinná společenstva jsou ohrožena a jak.  Na přelomu 70. a 80. let, kdy se vyhlašovala nová chráněná území, vznikl první Červený seznam flóry ČSR, vědci zároveň pracovali na zmapování vegetace Křivoklátska, Šumavy a krkonošských luk, které slouží orgánům ochrany přírody jako cenný podklad pro přípravu a realizaci záchranných programů.

Od roku 1966 vydává Botanický ústav mezinárodní časopis Folia Geobotanica, ve kterém vycházela řada syntéz o naší flóře a vegetaci. Postupně začali do časopisu stále více přispívat zahraniční autoři a časopis byl zahrnut do mezinárodního indexu WOS. V roce 1969 byl založen odborný časopis Algological Studie. 

Vývoj jednotlivých oddělení a pracovních skupin

Na počátku měl Botanický ústav tři oddělení: geobotanické, taxonomické a ekologické.

V Geobotanickém oddělení se postupně profilovaly pracovní skupiny, které posléze daly vznik novým oddělením. První byla skupina pro výzkum antropofyt, ze které vzniklo samostatné stejnojmenné oddělení již v roce 1964. Tato skupina se zabývala studiem člověkem ovlivňovaných společenstev polních plevelů, ruderálních stanovišť i pobřeží vod. Studium bylo zaměřeno jak na synantropní vegetaci, tak na jednotlivé taxony. Byly zde řešeny i otázky biologie plevelů i boj proti nim.  Začátkem 90. let bylo toto oddělení zčásti včleněno do Geobotanického oddělení, zčásti jeho pracovníci pokračovali na jiných pracovištích.

Počátkem 90. let se od Geobotanického oddělení v Průhonicích oddělila skupina, která vytvořila samostatné Oddělení populační ekologie. Cílem studia této skupiny jsou otázky vnitrodruhové proměnlivosti, druhové koexistence a studium časoprostorových procesů v rostlinných společenstvech. Po 12 letech se vyděluje a vytváří samostatné Oddělení genetické ekologie. 

Brzy potom se začala formovat skupina a později samostatné Oddělení pro studium rostlinných invazí. Toto oddělení se zabývá obecným studiem biologických invazí i studiem jednotlivých invazních rostlin; úspěšně se podílí na přípravě světových kompendií a příruček publikovaných v předních světových nakladatelstvích. 

V rámci tehdejšího Geobotanického oddělení se zformovala též fytogeografická skupina zaměřená na přípravu Fytogeografického atlasu ČSSR, která koordinovala floristický výzkum jednotlivých poboček ČSBS. Později se tato skupina stala součástí Taxonomického oddělení.

Taxonomické oddělení bylo druhým nejstarším oddělením v tehdejší Geobotanické laboratoři ČSAV. Základem oddělení se stala pracovní skupina pro experimentální taxonomii rostlin a fytogeografická skupina. Toto oddělení se zaměřilo na dvě hlavní témata – experimentálně-taxonomický výzkum modelových druhů a přípravu Květeny Č(SS)R.  Botanický ústav koordinuje vydávání tohoto prestižního souborného díla naší flóry již od roku 1988. V roce 2002 byl za vydatného přispění Botanického ústavu vydán Klíč ke květeně České republiky. Členové oddělení se podíleli i na přípravě mezinárodních flór i celoevropské květeny Flora Europaea a Atlas Florae Europeae. K taxonomickému oddělení patřila v minulosti i Stanice alpinek v Černolicích zaměřená na výměnu semen rostlin podchycených v Index seminum. 

Do taxonomického oddělení patří také mykologická skupina, která koordinovala mapování makromycetů v evropském měřítku za všechny socialistické státy a  lichenologická skupina.

Ekologické oddělení vzniklo v roce 1960 v Brně. Zahrnovalo dvě pracovní skupiny: ekologickou a palynologickou. První se zaměřila na studium vodního provozu rostlin a ekofyziologický výzkum na modelu kavylů a kostřav. Studium vodního provozu rostlin doplňoval výzkum mikrobiální činnosti a výzkum produkce rostlin. Byly zde vyvíjeny nové laboratorní i terénní metody pro ekologický výzkum.  Možné směry vhodně organizovaného ekologického výzkumu shrnuje kniha Ekologie lučních porostů, která je prvním uceleným dílem pojednávajícím o loukách z komplexního ekosystémového a synekologického hlediska. Svým moderním interdisciplinárním pojetím je zcela originální a nenavazuje přímo na žádnou podobně koncipovanou publikaci ani v našem, ani ve světovém písemnictví. Oddělení bylo hnací silou dvou jihomoravských projektů IBP: výzkum nížinných aluviálních luk a mokřadů a rybničních litorálů. Další ekosystémová studie byla zaměřena na výzkum smilkových luk a jejich fungování v pramenné oblasti Žďárských vrchů. Oddělení později patřilo k různým institucím (Ústav experimentální fytotechniky, který později přešel pod Ústav systémové a ekologické biologie, po roce 1990 byl rovněž součástí Ústavu ekologie krajiny) a k Botanickému ústavu se vrátilo v 90. letech.

Do ekologického oddělení střídavě patřila paleoekologická skupina, která je zaměřena na studium vývoje vegetace v kvartéru na základě pylových analýz zprvu z Českomoravské vysočiny, jižních Čech včetně Šumavy, Jeseníků, Jizerských hor, Rakovnicka, Moravy-Vracova, Oravské kotliny, Kremnického pohoří a Vysokých Tater, později i ze zahraničí (západní Evropa a Sibiř). Skupina zajišťuje i zpracování makrozbytků z rašelinných profilů a spolupracovala na přípravě Mapy potencionální přirozené vegetace Evropy. Ze starších výsledků této skupiny je třeba uvést dvě knižní publikace Vegetace ČSSR, ser. A, a paleogeobotanické mapy Českých zemí, první svého druhu u nás, poskytující přehled o šíření dřevin a jejich porostů na celém území ČR v různých historických etapách. V roce 2020 vzniklo samostatné Oddělení paleoekologie.

V roce 1971 bylo v Třeboni založeno Hydrobotanické oddělení, do něhož přešla algologická skupina z Laboratoře pro výzkum řas při Mikrobiologickém ústavu ČSAV v Třeboni a později dalo vzniknout Oddělení experimentální fykologie a ekotoxikologie. Tato laboratoř se měla specializovat na výzkum produkčních vlastností řas a technologickou přípravu jejich poloprovozní výroby. Později se z ní vyčleňuje skupina, která se zabývala převážně taxonomií a ekologií řas. Studium taxonomie řas se soustředilo na monografické zpracování některých důležitých skupin (Desmidiaceae, Xanthophyceae, Chlorococcales, různé taxony Cyanophyta a rodu Chlamydomonas). Členové tohoto týmu se podíleli na přípravě mezinárodních kompendií „Süsswasserflora von Mitteleuropa“ und „Phytoplantkon des Süsswassers“. Byly vypracovány metody řasových biotestů a prováděly se detailní studie biologie a životních cyklů určitých, ekologicky důležitých, řasových taxonů. Součástí výzkumu této laboratoře bylo i vyvíjení nových kultivačních metod, které byly z velké části patentovány. Od sedmdesátých let se v Třeboni nachází sbírka autotrofních organismů, která byla založena v Praze již před II. světovou válkou. Řasová sbírka zahrnuje nyní více než 1000 kmenů sinic, řas, mechorostů, kapraďorostů a okřehků, včetně unikátního souboru izolátů sinic a řas z polárních oblastí.

Podstatná část výzkumu Hydrobotanického oddělení navazuje na dlouhodobé studium jihočeských rybníků. Výzkum původně zahrnoval tři odvětví: a) studie společenstev makrofyt ve vodních a litorálních biotopech, b) ekologii mokřadů a c) taxonomii, biologii a ekologii řas. Výsledky čs. IBP studií o ekologii mokřadů byly publikovány v knize „Pond Littoral Ecosystems, Structure and Functioning“. Dále pokračoval výzkum fungování a role těchto společenstev v ekosystémech a studium jejich významu z hlediska bioindikace. Fytocenologické přehledy těchto společenstev byly využívány pro typologii a kategorizaci rybníků a jiných vodních ploch. Z iniciativy oddělení vznikla komise pro ochranu přírody a životního prostředí při Městském národním výboru v Třeboni. V roce 1975 byl zpracován odborný souhrnný dokument „Přírodní poměry a životní prostředí Třeboňska“, který sloužil jako podklad pro návrh Chráněné krajinné oblasti Třeboňsko pro Krajské středisko státní památkové péče a ochrany přírody v Českých Budějovicích. Třeboňsko bylo na základě téže zprávy v roce 1977 zařazeno do mezinárodní sítě biosférických rezervací UNESCO (MaB). V MaB se přešlo od rákosin k dalším tématům včetně modelování ekofyziologických procesů. Byly též zpracovány podklady k vyřešení konfliktů mezi ekology a ekonomy v jihočeských pánvích. Třeboňské pracoviště spravuje sbírku vodních a mokřadních rostlin ČR, založenou v roce 1976. Sbírka dnes čítá asi 340 druhů, obsahuje velkou většinu vodních a mokřadních rostlin ČR a zahrnuje více než polovinu druhů této poměrně početné ekologické skupiny mírného pásu.

V roce 1986 bylo Hydrobotanické oddělení rozděleno na čtyři skupiny: 1) Taxonomie, biologie a ekologie řas (Centrum pro algologii); 2) Biologie a ekologie vodních a bažinných cévnatých rostlin, 3) Ekofyziologie a produkce mokřadních rostlin a 4) Synekologie (Oddělení funkční ekologie). Posléze vznikl z Hydrobotanického oddělení samostatný úsek. 

Do roku 1979 byla součástí Botanického ústavu Hydrobiologická laboratoř. Její výzkum byl zaměřen na řešení limnologických problémů, zvláště studium vodárenských nádrží. Laboratoř řešila speciální otázky jako znečištění vod, mineralizace organické hmoty ve vodách a vztah mezi produktivitou nádrží a množstvím ryb. Studovalo se i zatížení vodárenských nádrží nitráty a fosfáty. Byly zde sestaveny modely a prognózy eutrofizace nádrží. Kromě toho se studovala taxonomie a bionomika vodních organismů. V roce 1979 byla laboratoř administrativně převedena do Ústavu krajinné ekologie ČSAV.

Problémem znečištění vodárenských nádrží a bioindikace se posléze začalo zabývat brněnské Oddělení experimentální fykologie a ekotoxikologie, které vzniklo z brněnské skupiny administrativně třeboňských algologů, H. Ettla a P. Marvana.

V roce 1974 bylo k Botanickému ústavu přiřazeno Oddělení lesnické biologie, jehož výzkum byl soustředěn na ekofyziologii klíčení dřevin a růstu semenáčků, dynamiku dekompozice organické hmoty a ekologii planě rostoucích dřevin. V tomto oddělení byla též propracována metodika využití filmové techniky ve výzkumu.

V ústavu působila také 2 výzkumná centra – Výzkumné centrum pro bioindikaci a revitalizaci a Centrum pro výzkum biodiverzity.

V roce 2017 byla sloučena Oddělení genetické ekologie a Oddělení průtokové cytometrie za vzniku Oddělení evoluční biologie rostlin.

Od 1. 1. 2020 působí v Třeboni Oddělení experimentální a funkční morfologie, které vzniklo odštěpením z Oddělení funkční ekologie. Důvodem bylo zejména odlišné odborné zaměření pracovních skupin uvnitř původního oddělení reprezentované zkušenými vedoucími týmů.

Od 1. 1. 2021 vzniklo z Palynologické laboratoře Oddělení paleoekologie.

Více o historii a osobnostech Botanického ústavu.

Historie brněnského pracoviště.